1.蛋白本身的特性：蛋白分子量大小、蛋白来源/物种、是否为毒性蛋白，蛋白翻译后修饰程度、蛋白自身结构的复杂程度

2.宿主的选择：宿主本身的特性、蛋白表达需求等都影响着蛋白表达

3.蛋白需求量：蛋白应用范围对应的需求量不同，所以要根据需求量确定表达系统

4.质粒载体的选择：载体是携带外源基因的工具，要根据系统选择合适的载体才能使蛋白更好的表达

5.融合标签的选择：蛋白重组表达过程中采用亲和标签融合表达有两方面的作用：一方面是为了使蛋白纯化过程变得更加容易；另一方面是为了促进某些不溶性蛋白可溶

6.蛋白表达系统的优化：重组蛋白的表达往往不像理论那样一帆风顺，在实际的表达过程中有可能产生各种各样的问题，因此表达系统的优化很重要。